Trabzon İmparatorluğu hükümdarlarından 1. Manuel Komnenos vaktinde 1238-1263 tarihleri ortasında inşa edilen Ayasofya Camii’nin 250 metre batısında bir mağara olduğu ortaya çıktı. Ayasofya etrafındaki binaların ortasında bugüne kadar saklanmayı başaran mağarada birinci incelemeler yapıldı. Birinci olarak Jeoloji Mühendisi Prof. Dr. İsmet Gedik tarafından jeolojik bir çalışma esnasında tespit edilen Ayasofya Mağarası’nda yapılan birinci incelemelerde kimi kemik kesimlerine ulaşıldı. Daha sonra Karadeniz Teknik Üniversitesi (KTÜ) Edebiyat Fakültesi Arkeoloji Kısmı akademisyenlerinden Yrd. Doç. Dr. Hülya Çalışkan Akgül’ün başkanlığında yürütülen arazi çalışmalarında incelenen mağaranın dalga hareketleri sonucu oluştuğu varsayım ediliyor. Mağaranın üst katında ise toprak oluşumu simgeleyen dolgu katmanlarının olduğu belirlendi.
Karadeniz Teknik Üniversitesi (KTÜ) Edebiyat Fakültesi Arkeoloji Kısmı akademisyenlerinden Yrd. Doç. Dr. Hülya Çalışkan Akgül, Ayasofya mağarasında kemik modüllerini ulaştıklarını belirterek, “Jeoloji Mühendisi Prof. Dr. İsmet Gedik ile temas kurduk. Kendisi hiç düşünmeden çalışmamız üzerine elindeki kesimleri bize verdi.
Mağaranın alt tarafından denizel dolgu katmanı var. Bu bir vakitler denizin buraya geldiğini gösteriyor. Onun üstünde toprak oluşumunu simgeleyen bir dolgu katmanı var. Bu dolgu katmanının içinden bu kesimler toplanmış. Bizde kimi kemik kesimleri topladık. Topladığımız kemik modüllerinden bir tanesi bir domuz omuruydu. İsmet Gedik’in topladığı kemik kesimlerinin içerisinde büyükbaş hayvana ilişkin bir kemik bulundu. Daha eski devri çalışan arkeologlardan görüş aldık. Etçi bir hayvana ilişkin olduğu söylenen patisine ilişkin bir kemik kesimi söylendi.
Biz daima paleolitik mi diye düşünürken o büyükbaş hayvana ilişkin kemik modülünün üzerinde metal bir alet tarafından yapılmış bir keski izine rastladık. Şayet metal bir alet devreye giriyorsa o vakit bu durumda paleolitik diye yola çıkmamız biraz güç bir durum olur.
Ancak bu mağara çok kıymetli. Yalnızca mağara ve sığınakların kullanılması paleolitik periyotta değil, Karadeniz Bölgesi’nde bilhassa batıda örnekleri görüyoruz çok daha geç periyotta de bu çeşit yerlerin kullanıldığı biliyoruz” dedi. Ayasofya mağarasının değerli bir buluntu yeri olduğunu kaydeden Akgül, “Aynı vakitte neolitik dediğimiz yani cilalı taş çağı periyodunda Karadeniz’de su düzeyi nasıldı, kıyı nasıl şekilleniyordu çalışmalarına taraf verebilecek bir mağaradır. Münasebetiyle kıymetli bir buluntu yeridir. Mağaradan çıkan bir alet yok elimizde, yalnızca hayvan kemikleri var. İnsan faaliyetlerini büyük bir soru işareti ile düşünüyoruz” sözlerini kullandı.